El Arzobispo de Braga, Don Fray Agostinho de Jesus deseaba tener un lugar digno para ser sepultado. Por tal motivo, ordenó la construcción de la Iglesia do Pópulo en el 1596 junto con su Convento, destinado a la orden religiosa, los Eremitas do San Agustín. El nombre de la Iglesia se deriva de la Iglesia de Sanctae Mariae de Populo de Roma, de gran importancia para la Orden de San Augustin.
Originalmente la estructura exhibía un estilo arquitectónico de carácter manierista. Su fachada es reconstruida al estilo neoclásico (Obra de Carlos Amarante) en el siglo XVIII. Debido a la extinción de la orden religiosa en 1834, la Iglesia y el Convento pasaron a ser propiedad del Estado.
Los restos humanos del Arzobispo Don Fray Agostinho de Jesus se encuentran en un sepulcro situado en un nicho de la capilla mayor, cumpliéndose así sus deseos.
